A Reforma Tributária já é uma realidade no Brasil, e promete impactar profundamente a forma como as empresas, inclusive clínicas médicas, pagam impostos a partir de 2026.
Com a substituição de tributos como PIS, COFINS, ICMS e ISS por dois novos tributos, o setor de saúde precisa se preparar para mudanças relevantes no cálculo e no recolhimento de tributos.
Neste artigo, você vai entender, de forma clara e prática, o que muda na tributação das clínicas médicas com a reforma tributária, quais as novas regras do IVA Dual, o impacto nas alíquotas, como ficam os benefícios setoriais e o que a sua clínica pode fazer para se adaptar com segurança.
O que é a reforma tributária e por que ela afeta as clínicas médicas?
A reforma tributária foi aprovada em 2023 por meio da Emenda Constitucional 132/2023 e foi regulamentada por leis complementares ao longo de 2024 e 2025.
Seu principal objetivo é simplificar o sistema tributário, substituir tributos cumulativos por impostos sobre valor agregado (IVA) e reduzir distorções que geram insegurança jurídica.
A proposta cria o IVA Dual, com os seguintes tributos:
- CBS (Contribuição sobre Bens e Serviços): Substitui PIS e COFINS, e será arrecadada pela União.
- IBS (Imposto sobre Bens e Serviços): Substitui ICMS e ISS, e será arrecadada por estados e municípios.
Além disso, haverá o Imposto Seletivo (IS), voltado para produtos e serviços prejudiciais à saúde ou ao meio ambiente.
A reforma impacta todas as empresas, inclusive as clínicas médicas, que atualmente operam em sua maioria no Simples Nacional ou Lucro Presumido, e precisam entender como as novas regras vão afetar a sua carga tributária e a gestão financeira.
Como funciona a tributação atual das clínicas médicas?
Hoje, clínicas médicas podem optar por diferentes regimes tributários:
- Simples Nacional: Regime simplificado, que pode ser utilizado por clínicas com faturamento anual de até R$ 4,8 milhões.
- Lucro Presumido: Regime tributário que pode ser utilizado por clínicas com faturamento de até R$ 78 milhões por ano.
- Lucro Real: Obrigatório para grandes empresas ou clínicas com atividades específicas.
Cada regime tem suas particularidades e alíquotas. Por exemplo, no Simples Nacional, a tributação das clínicas médicas pode iniciar em 6%, enquanto no Lucro Presumido, a carga tributária gira em torno de 13,33% a 16,33% sobre o faturamento.
O que muda na prática para clínicas médicas?
A seguir, veja os principais impactos práticos da reforma tributária no setor médico:
1. Fim do PIS e COFINS: entra a CBS
A CBS será um tributo federal com alíquota padrão estimada em 9,25%, mas clínicas médicas poderão ter alíquota reduzida em até 60%.
✅ Na prática: clínicas que hoje recolhem PIS/COFINS com alíquota efetiva de 3,65% ou 7,6%, passarão a recolher a CBS, mas com possibilidade de redução, conforme o tipo de serviço e atividade.
2. Fim do ISS: entra o IBS
O ISS (imposto municipal sobre serviços) será substituído pelo IBS, arrecadado por estados e municípios. A alíquota padrão estimada do IBS será de cerca de 17,7%, mas também haverá desconto de até 60% para atividades de saúde.
✅ Na prática: Clínicas localizadas em municípios com alíquota de ISS entre 2% e 5% devem se preparar para o novo tributo com alíquota unificada nacional, mesmo com o benefício.
3. Redução de alíquota para serviços de saúde
A reforma tributária estabelece que estabelecimentos de saúde, terão direito à redução de 60% na CBS e no IBS.
Para manter a alíquota reduzida de 60%, a clínica médica deve comprovar que:
- Atua na área da saúde.
- Está com CNPJ ativo e regular na Receita Federal.
- Possui escrituração contábil e fiscal em dia.
✅ Na prática: Clínicas devem fortalecer a contabilidade e a conformidade fiscal para não perder os benefícios.
4. Crédito de impostos
Com o novo sistema de IVA, clínicas médicas que adquirem insumos e serviços com tributação plena poderão se apropriar de créditos de CBS e IBS, abatendo parte dos impostos a pagar.
✅ Na prática: Será fundamental uma gestão eficiente das notas fiscais de compra, pois isso impactará diretamente na economia tributária.
Preciso mudar de regime tributário?
A resposta depende do porte da sua clínica, da folha de pagamento e da margem de lucro.
Com a reforma, muitas clínicas que estão no Simples Nacional podem migrar para o Lucro Presumido ou Lucro Real, buscando crédito tributário e melhor aproveitamento da nova estrutura.
📌 Dica: Agende uma simulação com um contador especializado, como a equipe da Pavon Contabilidade, para comparar cenários antes da virada de chave em 2026.
Preciso adaptar o sistema de gestão da clínica?
Sim. A reforma tributária exige que clínicas médicas atualizem seus sistemas de emissão de notas fiscais, escrituração fiscal e controle de créditos.
Além disso, será preciso classificar corretamente os serviços e garantir que a contabilidade esteja alinhada com os novos códigos de tributação.
Vale destacar, que a reforma também afeta médicos e outros profissionais da saúde que atuam como pessoa jurídica (PJ).
Quais os riscos de não se preparar para a reforma tributária?
Entre os principais riscos de não se adaptar à reforma tributária estão:
- Pagamento a maior de tributos, por falta de planejamento.
- Perda de crédito tributário por erro na escrituração.
- Irregularidades fiscais por uso incorreto de códigos.
- Inadimplência por desconhecimento das novas obrigações.
- Perda do benefício de alíquota reduzida.
✅ Na prática: Clínicas que se preparam com antecedência terão vantagens competitivas, menor carga tributária e mais segurança jurídica.
Conclusão: como a Pavon Contabilidade pode ajudar?
A Pavon Contabilidade acompanha de perto todas as mudanças da reforma tributária e está preparada para auxiliar sua clínica médica em:
- Planejamento tributário personalizado;
- Simulações de carga tributária antes e depois da reforma;
- Reavaliação do regime tributário (Simples, Presumido ou Real);
- Apoio na atualização dos sistemas e notas fiscais;
- Conformidade para manter os benefícios fiscais.
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